לאור הצלחת העונה הראשונה של \'מבצע קיפוד\' שעלתה השנה בערוץ לוגי ב-HOT ובשירות ה-VOD, החליטו בערוץ להפיק עונה נוספת. צילומי העונה צפויים להתחיל בחודש הקרוב והיא תתמקד בשמירה על צבי הים הנחשבים לחיות שמורות הנמצאות בסכנת הכחדה. תסריטאית הסדרה היא אסתר נמדר והבמאי הוא יוסי קרן.

אחרי שבעונה הקודמת התנדבו הגיבורים בבית החולים לחיות בר בספארי, כעת הם יוצאים למרכז להצלת צבי ים במכמורת אליו הם מגיעים על מנת לסייע בטיפול בצבים. צבי הים שהוכרזו כמין מוגן בחוק, נמצאים בסכנת הכחדה תמידית בשל זיהום מי הים והחופים, הפיתוח המואץ לאורח החופים, צייד בלתי חוקי ועוד. רק בשנה האחרונה נעשו מספר פעולות לשחרור צבי ים ולשמירה על ביציהם המוטלות בחוף. במסגרת העלילה מגלים הילדים כי מי הנחל מזוהמים על ידי גורם לא ידוע וכתוצאה מכך החיות, ובהן צבי הים, והצמחייה בסביבה נפגעים והחבורה מחליטה לצאת למסע נוסף להצלתם.

\'מבצע קיפוד\' מצולמת בשיתוף פעולה עם רשות הטבע והגנים והיא סדרה בת לסדרה \'נשרים\' ששודרה אף היא בלוגי, בשנת 2009. צילומי \'מבצע קיפוד\' יתקיימו בין השאר בבית הספר \'מבואות ים מכמורת\' ובמרכז להצלת צבי ים. בנוסף לפרקי הסדרה, יופק פרק מיוחד שיתאר את \'מאחורי הקלעים\' של הסדרה וייחשף המרכז להצלת צבי ים במכמורת.