על פי כתב האישום, השוטר נהג ברכבו, ולפתע נהג הקטנוע יעקב טוחי ז"ל פנה אליו וביקש ממנו להתקדם. אלא שאז החלו חילופי דברים בין השניים, במהלכו השוטר הפיל את טוחי על הכביש ולאחר שזה שלף לעברו סכין - הוא ירה בו צרור של תשע יריות. בסיום, עטה מסיכת הסוואה והמשיך לכוון את אקדחו לעוברי אורח
המחלקה לחקירות שוטרים הגישה לבית המשפט המחוזי בתל אביב כתב אישום נגד שוטר מג"ב, אשר רצח את יעקוב טוחי ז"ל, לפני כשלושה שבועות ביפו. מכתב האישום שהוגש באמצעות עורכות הדין הילה אדלמן ושקד דהן מהמחלקה, עולה כי התקרית ארעה עת שהשוטר, אשר לא היה בתפקיד, נהג ברכבו ברחוב פקוק.
יעקב טוחי ז"ל, ששימש כחובש מתנדב בארגון "איחוד הצלה", רכב על קטנוע והגיע בסמוך אליו. לאחר שטוחי פנה אל השוטר ואמר לו "אחי, תתקדם", השיבה לו אימו של השוטר, אשר ישבה לידו, כי אין באפשרותו להתקדם עקב הפקק. לאחר שטוחי המשיך לדרוש כי השוטר יתקדם מעט עם רכבו, התפתחו חילופי דברים בין השניים, במהלכם יצא השוטר מהרכב וניגש אל טוחי, אשר ירד מהקטנוע שלו.
בשלב זה, הכה טוחי את השוטר בפניו, והשוטר בתגובה הפיל אותו על הכביש, רכן מעליו, והכה אותו כאשר ניסה להשתחרר מאחיזתו. לאחר שעוברי אורח ניסו להפריד בין השניים, התרחק השוטר מעט, וטוחי, שהתרומם על ברכיו, הוציא מכיס מכנסיו סכין. השוטר המשיך להכות את טוחי, תוך שהוא נדקר בכף ידו ובגבו מהסכין, עד שהדף אותו, והסכין נפלה מידו. לאחר שעוברי האורח הפרידו ביניהם, נוצר מרחק של כארבעה מטרים בין השניים.
למרות שטוחי היה מרוחק מהשוטר, ללא הסכין בידו ומבלי שהיווה כל סכנה לו או לסובבים אותו, שלף השוטר את אקדחו, פילס את דרכו בין עוברי האורח, וממרחק קצר ירה לעבר פלג גופו העליון של טוחי ארבע יריות רצופות, ומיד לאחריהן חמש יריות רצופות, נוספות. כתוצאה מהירי נפצע טוחי ונפל על הכביש. כשתי שניות לאחר מכן, ירה בו השוטר יריה נוספת.
מיד לאחר הירי, התהלך השוטר בקרבת מקום, מבלי להושיט כל סיוע רפואי לטוחי. לאחר מכן, ניגש למדרכה סמוכה, חבש כובע משטרתי על ראשו ועטה מסכת הסוואה. גם לאחר הגעת כוחות הביטחון וההצלה למקום, המשיך השוטר לאחוז באקדחו וכיוון אותו לעבר עוברי אורח שניסו להתקרב אליו. כתב האישום מייחס לשוטר עבירה של רצח בכוונה. המחלקה לחקירות שוטרים ביקשה מבית המשפט להורות על מעצרו עד לתום ההליכים.
