מעל הראש של ישראל היום, התקיימו בשנים האחרונות מגעים בין ראש הממשלה בנימין נתניהו למו"ל ידיעות אחרונות נוני מוזס לסולחה, שנראה כי עשוי כעת דווקא לסבך את השניים. על פי פרסום בחדשות 2, נתניהו ומוזס נחקרו ביום חמישי האחרון בחשד לניסיון לקבלת שוחד ומתן שוחד, במהלך להרגיע את היחסים המתוחים והדם הרע שזורם ביניהם.

הבוקר נחשף בהארץ כי שיחה בין ראש הממשלה נתניהו לאיש עסקים בכיר, הוקלטה ונמצאת בידי המשטרה, במסגרת חקירת תיק 2000", הפרשה העיקרית בה מעורב כעת נתניהו. כעת מתברר כי איש העסקים הוא מוזס עצמו.

לפי הפרסום ב'חדשות 2', בשיחה שהוקלטה בין נתניהו לבין מו"ל ידיעות אחרונות, ונמצאת בידי המשטרה כבר מספר חודשים, הציע נתניהו למוזס סכומי כסף גדולים ואף את סגירת העיתון 'ישראל היום' בתמורה לשינוי הקו המערכתי של ידיעות אחרונות כלפיו.

בפרסום בחדשות 2 עולה כי הצדדים דנו בין היתר באפשרות של נתניהו לקבל סיקור נוח יותר מידיעות אחרונות, אולם לא ברור האם הדבר אמור היה לבוא על חשבונו של ישראל היום, ואולי אף לגרום לסגירתו.

מבחינת נוני מוזס, מדובר בעסקה שאמורה להניב לו סכומי כסף גדולים, שכן ישראל היום שהושק לפני רק מספר שנים, מקזז בהתמדה מתפוצתו של ידיעות אחרונות. השיחה בין השניים הוקלטה כאשר לפי חדשות 2 במשטרת ירושלים סבורים שבשיחה יש אלמנטים פליליים ואילו שי ניצן וד"ר אבישי מנדלבליט אומרים כי יש היבטים משמעותיים לציבור. 

היחסים בין נתניהו למוזס קשים. ראש הממשלה נוהג לתקוף קשות את מוזס ואת ידיעות על יחס העיתון כלפיו. מנגד ידיעות אחרונות ו-ynet נהגו לתקוף את נתניהו, לעיתים בצורה לא מאד עניינית בימים שלפי בחירות 2015.